成本核算首先是各科室直接成本的歸集，將各科室直接發(fā)生的成本直接計(jì)入到該科室；然后按照以下順序進(jìn)行四級(jí)分?jǐn)偅?nbsp;
分?jǐn)偡椒?nbsp;
第一級(jí)分?jǐn)偅ü珨傎M(fèi)用分?jǐn)偅?nbsp;
公攤費(fèi)用是指在成本的歸集過程中，無法直接歸集計(jì)入到某個(gè)科室的費(fèi)用，如清潔排污費(fèi)、綠化費(fèi)、保安費(fèi)等。公攤費(fèi)用根據(jù)實(shí)際業(yè)務(wù)屬性又區(qū)分為直接成本與間接成本兩部分，如某科室水電費(fèi)屬于直接成本，綠化費(fèi)屬于間接成本。公攤費(fèi)用的分?jǐn)偡椒ǜ鶕?jù)不同的成本項(xiàng)目確定不同的分?jǐn)偡椒?，根?jù)分?jǐn)倕?shù)不同。 
項(xiàng)目?jī)?nèi)容 
人力成本：退職生活費(fèi)、社會(huì)保障費(fèi)、合同工養(yǎng)老金、離退休人員成本、福利費(fèi)； 
煤水電費(fèi)； 
交通費(fèi)：車輛燃料費(fèi)、維修費(fèi)、過路過橋費(fèi)、保險(xiǎn)費(fèi)等； 
房屋和設(shè)備修購(gòu)基金：房屋折舊、設(shè)備折舊； 
房屋修繕、零星工程； 
分?jǐn)偡椒?nbsp;
人員成本：按人員數(shù)量比例分配到各核算中心。 
煤水電費(fèi)：大用戶單獨(dú)計(jì)量，其余按照房屋面積或人員數(shù)量分?jǐn)偟礁骱怂阒行摹?nbsp;
交通費(fèi)：按各核算中心實(shí)際使用交通工具工作量進(jìn)行分?jǐn)偂?nbsp;
房屋和設(shè)備修購(gòu)基金：房屋折舊按科室面積分配到核算中心；設(shè)備折舊按照不同折舊年限和折舊方法將設(shè)備分類后，按照各科室擁有設(shè)備占全院同類設(shè)備比重分配。 
具體公式 
人員成本：按人員數(shù)量比例分?jǐn)偟礁骺剖?nbsp;
人員成本 ＝ 科室在職人員數(shù)量× 全院應(yīng)分?jǐn)偟娜藛T成本 / 全院在職人員數(shù)量 
煤水電費(fèi)：煤水電成本 ＝科室面積×（全院煤水電成本－科室成本）/ （全院面積－科室面積） 
煤水電成本 ＝科室在職人員數(shù)量×（全院煤水電成本－科室成本）（全院在職人員數(shù)量－科室數(shù)量） 
交通費(fèi)： 
交通工具成本 ＝各科室使用（公里數(shù)） × 全院消耗成本（金額）/全院使用（公里數(shù)） 
房屋和設(shè)備修購(gòu)基金：房屋修購(gòu)基金＝科室面積 × 全院房屋修購(gòu)基金/全院面積 
設(shè)備修購(gòu)基金 ＝科室擁有該類設(shè)備總額 × 全院該類設(shè)備修購(gòu)基金/ 全院該類設(shè)備總額 
房屋修繕、零星工程：按科室面積分?jǐn)?nbsp;
修繕零星工程成本 ＝ 科室面積 × 全院修繕及零星工程成本/全院面積 
第二級(jí)分?jǐn)偅ü芾沓杀痉謹(jǐn)偅?nbsp;
將全院管理類科室成本包括直接計(jì)入管理科室成本和公攤費(fèi)用分?jǐn)偛糠诌M(jìn)行分?jǐn)?。如院長(zhǎng)辦公室、財(cái)務(wù)處等管理類科室 
分?jǐn)偡椒ǎ喊慈藛T比例分?jǐn)?nbsp;
相關(guān)科目成本 ＝科室在職人員數(shù)量×全院管理科室相關(guān)科目成本/（全院在職人員數(shù)量－管理科室人數(shù)） 
第三級(jí)分?jǐn)偅海ㄡt(yī)療輔助成本分?jǐn)偅?nbsp;
將此類科室成本（包括直接計(jì)入醫(yī)療輔助科室成本、公攤費(fèi)用分?jǐn)偛糠?、管理成本分?jǐn)偛糠种停┻M(jìn)行分?jǐn)?，分?jǐn)偪剖曳秶簰焯?hào)室、住院處、供應(yīng)室等。 
醫(yī)輔服務(wù)職能科室、供應(yīng)室、洗衣房分?jǐn)偡椒ǎ菏褂冕t(yī)院制定的內(nèi)部服務(wù)價(jià)格對(duì)照參數(shù)(或內(nèi)部服務(wù)量)，本著誰(shuí)受益誰(shuí)擔(dān)負(fù)的原則進(jìn)行分?jǐn)偅ǖ幌蚬芾眍惪剖壹巴悇e科室分?jǐn)偅?nbsp;
相關(guān)科目成本 ＝受益科室接受服務(wù)內(nèi)部?jī)r(jià)總量（科室受益總量）× 相關(guān)科目成本總量/接受服務(wù)內(nèi)部?jī)r(jià)總量（全院服務(wù)總量）  
門診醫(yī)輔、住院醫(yī)輔分?jǐn)偡椒ǎ喊凑张R床科室 床/工作日數(shù)量分?jǐn)偂?nbsp;
相關(guān)科目成本＝ 科室 床/工作日總量 × 相關(guān)科目成本總量/（全院床/工作日總量） 
沒有工作量的醫(yī)輔科室分?jǐn)偘瘁t(yī)技科室、直接醫(yī)療科室的人數(shù)向下分?jǐn)偂?nbsp;
第四級(jí)分?jǐn)偅ㄡt(yī)技科室成本分?jǐn)偅?nbsp;
將醫(yī)療技術(shù)類科室成本（包括直接計(jì)入醫(yī)療技術(shù)科室成本、公攤費(fèi)用分?jǐn)偛糠帧⒐芾沓杀痉謹(jǐn)偛糠?、醫(yī)療輔助科室成本分?jǐn)偛糠种停┻M(jìn)行分?jǐn)偂?nbsp;
1.藥劑科成本分?jǐn)偡椒ò凑帐褂檬杖胫С雠浔绕胶庠瓌t 
2.醫(yī)療技術(shù)檢查科室、手術(shù)室分?jǐn)偡椒ú捎檬杖胫С雠浔绕胶庠瓌t 
相關(guān)科目成本＝各相關(guān)科室獲取醫(yī)技收入總量× 相關(guān)醫(yī)技科室相關(guān)科目成本總量/相關(guān)醫(yī)技科室總收入  
成本核算的難點(diǎn) 
醫(yī)院經(jīng)濟(jì)管理薄弱，造成核算工作難度大 
在醫(yī)院管理工作中，往往會(huì)出現(xiàn)不能正確處理好經(jīng)濟(jì)利益與社會(huì)效益兩者關(guān)系的情況，有只顧經(jīng)濟(jì)效益而不講社會(huì)效益的情況，也有重社會(huì)效益而輕經(jīng)濟(jì)利益的現(xiàn)象。投入不計(jì)成本，產(chǎn)出不計(jì)效益，這種狀況十分明顯。由此可見，醫(yī)院經(jīng)濟(jì)管理技能和方法十分匱乏。而醫(yī)院統(tǒng)計(jì)、質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)化、信息管理和財(cái)務(wù)管理工作又是開展醫(yī)院經(jīng)濟(jì)管理工作的基礎(chǔ)，如果這些基礎(chǔ)性工作，如信息歸集的標(biāo)準(zhǔn)不統(tǒng)一，數(shù)據(jù)采集流程不完整，財(cái)務(wù)管理中缺乏責(zé)任會(huì)計(jì)的功能等，會(huì)增加成本核算工作的難度。 
現(xiàn)有醫(yī)療定價(jià)制度，造成醫(yī)療成本的不可比 
我國(guó)的衛(wèi)生事業(yè)是政府實(shí)行一定福利政策的社會(huì)公益事業(yè)，因此國(guó)家對(duì)醫(yī)療收費(fèi)價(jià)格實(shí)行統(tǒng)一指導(dǎo)價(jià)?；跉v史原因，目前醫(yī)療收費(fèi)價(jià)格制定不合理，特別是在基本醫(yī)療服務(wù)收費(fèi)標(biāo)準(zhǔn)方面明顯低于成本，這不僅不利于調(diào)動(dòng)廣大醫(yī)務(wù)人員的積極性，而且給醫(yī)院內(nèi)部控制帶來了難度，使得收入與成本不易配比，臨床科室的直接成本和間接成本不配比，醫(yī)療成本在項(xiàng)目和病種方面不易測(cè)算和比較。 
醫(yī)療服務(wù)的壟斷與競(jìng)爭(zhēng)性，造成了醫(yī)療成本不易控制 
醫(yī)療服務(wù)是一種特殊行業(yè)，由于供方—醫(yī)務(wù)人員的專業(yè)性和壟斷性很強(qiáng)，需方—病人的盲目性和被動(dòng)性很強(qiáng)，以及醫(yī)療服務(wù)需求彈性小等特點(diǎn)，使得醫(yī)療服務(wù)的成本不易控制。按一般經(jīng)濟(jì)規(guī)律，當(dāng)供大于求時(shí)，價(jià)格下降，利潤(rùn)減少，產(chǎn)量下降, 導(dǎo)致供等于求或者少于求，通過市場(chǎng)調(diào)節(jié)，由此產(chǎn)生價(jià)格上升，形成新的平衡。但在醫(yī)療活動(dòng)中，服務(wù)量的主動(dòng)權(quán)不在需方，而在供方，供方能夠誘導(dǎo)需求。況且，我國(guó)醫(yī)療服務(wù)定價(jià)采用按項(xiàng)目定價(jià)的方法，使供方能夠通過增加服務(wù)項(xiàng)目和擴(kuò)大服務(wù)量來彌補(bǔ)項(xiàng)目收入的減少。由于醫(yī)療服務(wù)價(jià)格由政府控制，缺乏市場(chǎng)調(diào)整機(jī)制，使得供方可以通過盲目擴(kuò)大服務(wù)項(xiàng)目或服務(wù)量造成成本超過收入的虧損局面。特別是在現(xiàn)有的市場(chǎng)經(jīng)濟(jì)條件下，醫(yī)院為增強(qiáng)競(jìng)爭(zhēng)力，努力提高技術(shù)水平，注重新設(shè)備的引進(jìn)和使用，如果不能選擇適宜技術(shù)，不能很好的進(jìn)行成本核算，那么醫(yī)院管理者的決策失誤不僅會(huì)導(dǎo)致醫(yī)療服務(wù)的虧損，更會(huì)造成醫(yī)療服務(wù)總成本的失控和社會(huì)衛(wèi)生資源利用的不合理。 
醫(yī)療服務(wù)的復(fù)雜性，造成成本核算方法的多樣性 
醫(yī)院是一個(gè)復(fù)雜的系統(tǒng)，由許多不同科室和各種相關(guān)的保障部門組成，每個(gè)學(xué)科或保障部門因?qū)I(yè)不同而使其成本內(nèi)容和表現(xiàn)方式不同。即使在同一學(xué)科，也因?qū)ν患膊〉脑\斷、治療方式不同，使醫(yī)療服務(wù)的成本構(gòu)成有所不同，因此醫(yī)療服務(wù)成本表現(xiàn)為異常的多樣性。正是由于這種成本的多層性和多樣性，造成的醫(yī)院成本分?jǐn)偟膹?fù)雜和繁瑣，使得醫(yī)院科室成本核算的方法出現(xiàn)多樣性。 
醫(yī)療服務(wù)的不確定性，造成了醫(yī)療成本的多變性 
醫(yī)療服務(wù)不同于其他行業(yè)的生產(chǎn)，它具有很多的不確定性。每一項(xiàng)醫(yī)療技術(shù)和服務(wù)的提供，都會(huì)因病人需方對(duì)醫(yī)療服務(wù)的需求時(shí)間、選擇方式、適應(yīng)程度、經(jīng)濟(jì)承受能力的不同，而使醫(yī)療服務(wù)的成本有所不同。就同一種疾病對(duì)不同病人來說，因其診治方式、病情程度不同也可使醫(yī)療成本發(fā)生變化。隨著高新技術(shù)的投入，它所伴有的高投入、高效益、高風(fēng)險(xiǎn)特性使其成本變化較大、幅度較大。一項(xiàng)新技術(shù)的應(yīng)用可以改變其成本結(jié)構(gòu)，可使效率提高、成本降低，也可能因投入過高使成本增加，這種醫(yī)療成本的不確定性，使醫(yī)院服務(wù)成本的測(cè)算、分?jǐn)偤驮u(píng)價(jià)更具有復(fù)雜性。